5520 sayılı Kurumlar Vergisi Kanunu’na 5904 sayılı Kanun’la eklenen Geçici 5 inci maddede, Küçük ve Orta Büyüklükteki İşletmelerin (KOBİ) birleşme işlemlerine ilişkin hükümler bulunmakta olup, 31/12/2009 tarihine kadar gerçekleştirilecek KOBİ birleşmelerine yönelik aşağıdaki teşviklere yer verilmiştir:

1-Kurumlar Vergisi İstisnası Uygulaması

KOBİ’lerin birleşmelerinden doğan kazançlar aşağıdaki koşulların sağlanması kaydıyla kurumlar vergisinden istisna edilecektir:

- Birleşilen kurum tarafından münfesih kurum kıymetlerinin Vergi Usul Kanunu’nun değerleme hükümlerine göre değerlenmek suretiyle bir bütün halinde devralınması ve bilançosuna kaydedilmesi,

- Birleşmeden doğan kazançların tamamının birleşme tarihi itibarıyla birleşilen şirketin sermayesine eklenmesi,

- Birleşilen kurumun, münfesih kurumun tahakkuk etmiş ve edecek vergi borçlarını ödeyeceğini ve diğer ödevlerini yerine getireceğini; münfesih kurumun birleşme nedeniyle vereceği kurumlar vergisi beyannamesine ekli bir taahhütnameyle taahhüt etmesi, 

- Birleşme sonrasında üç yıl süreyle aylık ortalama bazda birleşilen kurum ile münfesih kurum tarafından 1/4/2009 tarihinden önce verilen son aya ilişkin sigorta bildirgelerine göre istihdam edilenlerin toplamından az olmamak üzere aylık istihdam sağlanması.

Münfesih kurumun birleşme tarihine kadar olan faaliyet kazançları ise bu istisna kapsamında bulunmamaktadır.

2- İndirimli Kurumlar Vergisi Uygulaması

KOBİ’lerin bu Kanun çerçevesinde gerçekleştirdikleri birleşmelerde;

-Birleşme nedeniyle infisah eden kurumun birleşme tarihinin içinde bulunduğu son hesap döneminde elde ettiği kazançları ile

-Birleşilen kurumun birleşme işleminin gerçekleştiği hesap dönemi dahil olmak üzere üç hesap döneminde elde edilen kazançlarına

uygulanacak kurumlar vergisi oranını yüzde 75′ine kadar indirimli uygulatma konusunda Bakanlar Kuruluna yetki verilmiştir.

KOBİ tanımı kapsamına giren gelir vergisi mükellefleri de, Gelir Vergisi Kanunu’nun 81 inci maddesinde yer alan şartları (değerleme hükümleri hariç) sağlamaları kaydıyla, yukarıda yer alan teşviklerden yararlanır.